   A  T  G  C  .  N
A  6 -3 -3 -3  0  0
T -3  6 -3 -3  0  0
G -3 -3  6 -3  0  0
C -3 -3 -3  6  0  0
.  0  0  0  0  0  0
N  0  0  0  0  0  0


   A  T  G  C  .  N
A  2 -5 -5 -5  0  0
T -5  2 -5 -5  0  0
G -5 -5  2 -5  0  0
C -5 -5 -5  2  0  0
.  0  0  0  0  0  0
N  0  0  0  0  0  0
